Der Anti-Kriegs-Serie zugrunde liegt nicht nur der gleichnamige Film von Wolfgang Petersen aus dem Jahr 1981, sondern auch die Bücher von Autor Lothar-Günther Buchheim. Dabei bilden „Das Boot“ (1971), „Die Festung“ (1995) und „Der Abschied“ (2000) eine Trilogie. Die ersten beiden Romane wurden bereits für Staffel 1 und 2 von „Das Boot“ verarbeitet, für eine Staffelverlängerung würde also noch ein gesamter Roman zur Verfügung stehen, der der Serie einen stimmigen Abschluss verleihen könnte – das scheint allerdings (noch) nicht der Fall zu sein.
Im Gegensatz zur Romanvorlage wird „Das Boot“ Staffel 3 keinen Zeitsprung machen, sondern direkt an die Handlungsstränge von Staffel 2 anschließen. Während die Crew von Robert Ehrenberg (Franz Dinda) in eine Atlantikschlacht gerät und von einem blindwütigen Royal Navy Commander gejagt wird, verschlägt es Hagen Forster (Tom Wlaschiha) nach Lissabon. An diesem neutralen Ort soll Forster ein Komplott aufdecken und gerät letztendlich selbst an eine mysteriöse Person, die in eine Verschwörung verwickelt ist, die den Krieg maßgeblich beeinflussen könnte.
In Staffel 3 gibt es somit neben Dinda und Wlaschiha ein Wiedersehen mit Rick Okon, Leonard Scheicher und Robert Stadlober. Neu an Bord sind Fritzi Haberlandt und Trystan Pütter, beide bekannt aus „Babylon Berlin“ und Franz Hartwig („Der Pass“).